Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani

Rezultati testiranja 305 vzorcev odvzetih med 04. 04. 2022 in 10. 04. 2022

V šestinšestdeseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 305 vzorcev (75 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 04. 04. 2022 in 10. 04. 2022. Izmed teh je bilo 68 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 8 % iz Goriške regije, po 6 % iz Obalno-kraške regije, 5 % iz Gorenjske regije, 4 % iz Zasavske regije, 2 % iz Jugovzhodne in Posavske regije, po 1 % iz Pomurske, Koroške, Primorsko-notranjske in Savinjske regije. Deset vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.

Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)

Beta – B.1.351 – Južnoafriška različica

Različica beta (501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V šestinšestdesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.

Gama – P.1 – Brazilska različica

Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V šestinšestdesetem presejalnem obdobju različice gama nismo potrdili. Različico gama smo doslej potrdili pri 3 osebah.

Delta – B.1.617.2 – Indijska različica

Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V šestinšestdesetem presejalnem obdobju različice delta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 13.473 osebah.

Omikron – B.1.1.529

Različica omikron (484A – B.1.1.529) vsebuje 26 aminokislinskih zamenjav, 3 delecije in 1 insercijo na beljakovini bodice S v primerjavi s prvotno različico (A67V, del69_70, T95I, G142D, del143_145, N211I, del211, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, D796Y, N856K, Q954H, N969K in L981F). V šestinšestdesetem presejalnem obdobju smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.

Slika 2. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v presejalnem testiranju.
Slika 3. Razporeditev posameznih genetskih podrazličic omikrona dokazanih v šestinšestdesetem tednu, opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma.
Poročilo IMI: 4. 3. 2022 –10. 4. 2022