V devetinšestedeseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 156 vzorcev (73 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 25. 04. 2022 in 01. 05. 2022. Izmed teh je bilo 71 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 8 % iz Gorenjske regije, po 4 % iz Obalno-kraške in Zasavske regije, po 3 % iz Goriške, Jugovzhodne in Primorsko-notranjske regije ter 2 % iz Savinjske regije. Štirje vzorci so pripadali osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.

Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)

Beta – B.1.351 – Južnoafriška različica

Različica beta (501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V devetinšestedesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.

Gama – P.1 – Brazilska različica

Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V devetinšestedesetem presejalnem obdobju različice gama nismo potrdili. Različico gama smo doslej potrdili pri 3 osebah.

Delta – B.1.617.2 – Indijska različica

Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V devetinšestedesetem presejalnem obdobju različice delta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 13.474 osebah.

Omikron – B.1.1.529

Različica omikron (484A – B.1.1.529) vsebuje 26 aminokislinskih zamenjav, 3 delecije in 1 insercijo na beljakovini bodice S v primerjavi s prvotno različico (A67V, del69_70, T95I, G142D, del143_145, N211I, del211, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, D796Y, N856K, Q954H, N969K in L981F). V devetinšestedesetem presejalnem obdobju smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.

Slika 2. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v presejalnem testiranju.
Slika 3. Razporeditev posameznih genetskih podrazličic omikrona dokazanih v devetinšestedesetem tednu, opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma.
Poročilo IMI: 25. 4. 2022 – 1. 5. 2022