V šestinsedemdeseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 84 vzorcev (80% vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 13. 06. 2022 in 19. 06. 2022. Izmed teh je bilo 63 % vzorcev iz Osrednjeslovenske regije, 8 % iz Jugovzhodne regije, 6 % iz Gorenjske regije, po 4 % iz Obalno-kraške ter Zasavske regije in po 1 % iz Goriške, Posavske, Primorsko-notranjske ter Savinjske regije. Devet vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje.

Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)

Omikron – B.1.1.529

Različica omikron (484A – B.1.1.529) vsebuje 26 aminokislinskih zamenjav, 3 delecije in 1 insercijo na beljakovini bodice S v primerjavi s prvotno različico (A67V, del69_70, T95I, G142D, del143_145, N211I, del211, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, D796Y, N856K, Q954H, N969K in L981F).

ECDC je junija 2022 na seznam zaskrbljujočih variant uvrstil 4 podrazličice omikrona (BA.1, BA.2, BA.4 in BA.5) ter vse njihove hčerinske linije.

V šestinsedemdesetem presejalnem obdobju smo različico omikron potrdili v vseh vzorcih.

Podrobno razporeditev posameznih genetskih podrazličic in hčerinskih linij omikrona dokazanih v šestinsedemdesetem tednu presejalnega testiranja prikazuje Slika 2.

Slika 2. Razporeditev posameznih genetskih podrazličic omikrona dokazanih v šestinsedemdesetem tednu, opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma.
Slika 3. Delež posameznih podrazličic omikrona potrjenih v celotnem obdobju presejalnega testiranja od pojava B.1.1.529 v Sloveniji dalje.
Poročilo IMI: 13. 6. 2022 – 19. 6. 2022