V petinštirideseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 950 vzorcev (10 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 08. 11. 2021 in 14. 11. 2021. Izmed teh je bilo 61 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 15 % iz Goriške regije, 8 % iz Zasavske regije, 6 % iz Jugovzhodne regije, 3 % iz Primorsko-notranjske regije 2 % iz Posavske regije in po 1 % iz Obalno-kraške, Gorenjske, Podravske in Savinjske regije. Enajst vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje. V oktobru in novembru 2021 smo dokazali samo različico delta.

Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)

Beta – B.1.351 – Južnoafriška različica
Različica beta (501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V petinštiridesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.

Gama – P.1 – Brazilska različica
Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V petinštiridesetem presejalnem obdobju različice gama nismo potrdili. Različico gama smo doslej potrdili pri 3 osebah.

Delta – B.1.617.2 – Indijska različica
Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V petinštiridesetem presejalnem testiranju smo različico delta potrdili v vseh vzorcih vključenih v presejalno sekveniranje. Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 9.572 osebah.

Zaradi svetovne razširjenosti, pri različici delta spremljamo tudi pojav posameznih mutacij v virusnem genomu, iz katerih se lahko oblikujejo nove različice ali podrazličice. Trenutno spremljamo več kot 150 podrazličic delta, ki so označene: AY.številka. Kljub podrobnemu spremljanju, do sedaj ni dokazov, a bi bila katerakoli podrazličica delta bolj kužna ali virulentna od ostalih.

Slika 2. Delež posameznih podrazličic delte potrjenih v presejalnem testiranju.

Slika 3. Razporeditev posameznih genetskih podrazličic dokazanih v petinštiridesetem tednu, opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma.


PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Rezultati testiranja 950 vzorcev odvzetih med 8. 11. 2021 in 14. 11. 2021