V triinštirideseto presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili 939 vzorcev (13 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 25. 10. 2021 in 31. 10. 2021. Izmed teh je bilo 65 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 11 % iz Zasavske regije, 9 % iz Goriške regije, 5 % iz Jugovzhodne regije, 4 % iz Obalno-kraške regije in po 1 % iz Posavske, Gorenjske, Podravske, Savinjske in Primorsko-notranjske regije. Šestnajst vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Slika 1. Razporeditev posameznih genetskih različic opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma iz vzorcev vključenih v presejalno sekveniranje. V septembru in oktobru 2021 smo dokazali samo različico delta.

Nadzor nad zaskrbljujočimi genetskimi različicami (VOC)

Beta – B.1.351 – Južnoafriška različica
Različica beta (501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V triinštiridesetem presejalnem obdobju različice beta nismo potrdili. Skupno smo do sedaj dokazali različico beta pri 23 osebah, od katerih jih 21 nima jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine. Ena oseba je pripotovala iz celinske Tanzanije in ena iz Zanzibarja.

Gama – P.1 – Brazilska različica
Različica gama (501Y.V3 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V triinštiridesetem presejalnem obdobju različice gama nismo potrdili. Različico gama smo doslej potrdili pri 3 osebah.

Delta – B.1.617.2 – Indijska različica
Različica delta (B.1.617.2) vsebuje naslednje značilne mutacije: T19R, L452R, T478K, D614G, D950N, P681R, del157/158. V triinštiridesetem presejalnem testiranju smo različico delta potrdili v vseh vzorcih vključenih v presejalno sekveniranje. Skupno smo do sedaj različico delta potrdili pri 7.943 osebah.

Zaradi svetovne razširjenosti, pri različici delta spremljamo tudi pojav posameznih mutacij v virusnem genomu, iz katerih se lahko oblikujejo nove različice ali podrazličice. Trenutno spremljamo 55 podrazličic delta, ki so označene: AY.številka. V Sloveniji je najprej prevladovala podrazličica AY.3, ki jo je konec avgusta 2021 nadomestila podrazličica AY.4, ki jo še nadalje delimo v AY.4.1 in AY.4.2. Različico AY.4.2 zaznamujeta dodatni mutaciji A222V in Y145H in je zaradi hitrega širjenja v Veliki Britaniji pod drobnogledom. V triinštiridesetem poročevalskem obdobju podrazličice AY.4.2 nismo zaznali. Podrazličico AY.4.2 z obema mutacijama smo doslej potrdili pri 2 osebah. Kljub podrobnemu spremljanju, do sedaj ni dokazov, a bi bila katerakoli podrazličica delta bolj kužna ali virulentna od ostalih.

Slika 2. Delež posameznih podrazličic delte potrjenih v presejalnem testiranju.

Slika 3. Razporeditev posameznih genetskih podrazličic dokazanih v triinštiridesetem tednu, opredeljenih s sekveniranjem celotnega genoma.