V osmo presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 577 vzorcev (26 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 15. 02. 2021 in 21. 02. 2021. Izmed teh je bilo 65 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 10 % iz Goriške regije, po 5 % iz Obalno-kraške in Jugovzhodne regije, po 2 % iz Gorenjske, Posavske, Primorsko-notranjske, Savinjske in Zasavske regije ter po 1 % iz Koroške in Pomurske regije. 8 vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Poleg do sedaj v Sloveniji dokazanih genetskih različic virusa SARS-CoV-2, se v Sloveniji širita dve novi genetski različici virusa:

Genetska različica A.27
Za genetsko različico A.27 so značilne mutacije: L18F, L452R, N501Y, A653V, H655Y, D796Y, G1219V. Različica je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji. Do sedaj smo potrdili različico v 6 vzorcih iz Osrednjeslovenske in Jugovzhodne regije.

Genetska različica B.1.525
Za genetsko različico B.1.525 sta značilni mutaciji: del69-70 in E484K. Različica je najbolj razširjena na Danskem, v Združenem kraljestvu, Nigeriji in v Združenih državah Amerike. To različico smo potrdili v 4 vzorcih iz Osrednjeslovenske regije.

Angleška različica
Angleška različica (VOC 202012/01 – B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 202012/01 – B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V osmem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v 17 skupinah vzorcev. Z dodatnim presejalnim testom za mutacijo N501Y smo med 577 vzorci ugotovili 55 posameznih vzorcev pozitivnih na mutacijo N501Y, pri katerih bomo v naslednjem tednu določili celoten genom virusa in s tem potrdili ali ovrgli prisotnost angleške različice virusa.

Do sedaj smo angleško različico virusa (VOC 202012/01 – B.1.1.7) potrdili pri skupno 49 osebah. 10 oseb je imelo jasno epidemiološko anamnezo za potencialni vnos angleške različice v Slovenijo, ostali niso imeli jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine in so se z angleško različico verjetno okužili v Sloveniji. Delež angleške različice med vzorci vključenimi v presejalno sekveniranje v različnih časovnih obdobjih je prikazan na sliki spodaj.

Južnoafriška različica
Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V.  V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 – B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V sedmem presejalnem obdobju smo našli en vzorec z mutacijo N501Y in E484K, ki smo ga v tem tednu potrdili kot južnoafriško različico (VOC 501Y.V2 – B.1.351). Oseba, pri kateri smo potrdili južnoafriško različico nima epidemiološke indikacije o potovanju v tujino. V osmem presejalnem sekveniranju smo odkrili še dodaten vzorec z obema ključnima mutacijama, ki bo potrjen ali ovržen naslednji teden.

Brazilska različica
Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – P.1, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za brazilsko različico (IC-0561 – P.1) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le v zelo nizkih deležih, in v različnih kliničnih vzorcih.


PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani, Rezultati testiranja 386 vzorcev odvzetih med 15. 02. 2021 in 21. 02. 2021