Od začetka oktobra 2020 redno in sistematično spremljamo pojav in razvoj novih različic SARS-CoV-2 v drugem valu epidemije. Razvili smo originalni algoritem presejanja, ki temelji na sekveniranju, in omogoča hkratno zaznavo vseh znanih pomembnih mutacij, prisotnih v znanih svetovnih različicah virusa SARS-CoV-2 z možnim večjim pandemijskim potencialom in različicah, ki povzročajo slabšo učinkovitost trenutnih cepiv. Naš algoritem omogoča tudi prilagoditev za presejanje novih kandidatnih klinično pomembnih mutacij.

V sedmo presejalno sekveniranje virusnih različic SARS-CoV-2 drugega vala epidemije z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekveniranje) smo vključili skupno 386 vzorcev (22,2 % vseh SARS-CoV-2 PCR-pozitivnih vzorcev na IMI), ki so bili odvzeti med 08. 02. 2021 in 14. 02. 2021. Izmed teh je bilo 65 % vzorcev iz osrednjeslovenske regije, 12 % iz Goriške regije, 5 % iz Obalno-kraške, po 4 % iz Jugovzhodne in Zasavske regije, po 2% iz Posavske in Primorsko-notranjske regije ter po 1 % iz Gorenjske, Podravske, Pomurske in Savinjske regije. 5 vzorcev je pripadalo osebam, ki imajo stalno prebivališče v tujini.

Poleg do sedaj v Sloveniji dokazanih genetskih različic virusa SARS-CoV-2, smo tokrat prvič zaznali in potrdili tudi vzorce iz genetske linije A.27, ki je najbolj razširjena v francoski čezmorski skupnosti Mayotte, zabeležili pa so jo tudi v Združenem kraljestvu, na Nizozemskem, Danskem in v Turčiji.

Angleška različica

Angleška različica (VOC 202012/01 – B.1.1.7) vsebuje naslednje značilne mutacije: del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 202012/01 – B.1.1.7, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli.

V sedmem presejalnem obdobju smo našli vse mutacije značilne za angleško različico v 10 skupinah vzorcev. Večina značilnih mutacij se še vedno pojavlja v nizkih deležih, torej so pozitivni samo posamezni vzorci v vsaki skupini.

Z dodatnim presejalnim testom za mutacijo N501Y smo znotraj 10 pozitivnih skupin (344 vzorcev) ugotovili 24 posameznih vzorcev pozitivnih na mutacijo N501Y, pri katerih bomo v naslednjem tednu določili celoten genom virusa in s tem potrdili ali ovrgli prisotnost angleške različice virusa.

Do sedaj smo angleško različico virusa (VOC 202012/01 – B.1.1.7) potrdili pri skupno 28 osebah. Sedem oseb je imelo jasno epidemiološko anamnezo za potencialni vnos angleške različice v Slovenijo (tabela spodaj).

Poleg tega, smo do 07.02.2021 angleško različico virusa dokazali še pri 21 osebah iz osrednjeslovenske, obalno-kraške in goriške regije (graf spodaj), ki niso imeli jasne epidemiološke anamneze za potencialni neposredni vnos iz tujine in so se z angleško različico verjetno okužili v Sloveniji.

Južnoafriška različica

Južnoafriška različica (VOC 501Y.V2 – B.1.351) vsebuje naslednje značilne mutacije: D80A, D215G, del242-245, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G in A701V. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico VOC 501Y.V2 – B.1.351, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za južnoafriško različico (VOC 501Y.V2 – B.1.351) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le posamično v različnih kliničnih vzorcih in v zelo nizkih deležih.

Brazilska različica

Brazilska različica (IC-0561 – P.1) vsebuje naslednje značilne mutacije: L18F, T20N, P26S, D138Y R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F. V tabeli spodaj so z zeleno barvo označene mutacije značilne za različico IC-0561 – P.1, ki smo jih odkrili pri presejanju in z rdečo tiste, ki jih v posameznih obdobjih vzorčenja nismo našli. Za brazilsko različico (IC-0561 – P.1) značilne mutacije se v Sloveniji zaenkrat pojavljajo le v zelo nizkih deležih, in v različnih kliničnih vzorcih.


PDF: Sistematično genomsko opredeljevanje in spremljanje epidemije SARS-CoV-2 v Sloveniji na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo Medicinske fakultete Univerza v Ljubljani, Rezultati testiranja 386 vzorcev odvzetih med 08. 02. 2021 in 14. 02. 2021