Poleg presejalnega testiranja, s katerim iščemo specifične mutacije na delu virusnega genoma, ki nosi zapis za beljakovino S virusa SARS-CoV-2 raziskovalna skupina Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo (IMI), Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani že od začetka pandemije covid-19 analizira celotne genome virusa SARS-CoV-2 v Sloveniji.

Trenutno je v javni bazi GISAID 245 celotnih genomov virusa SARS-CoV-2, ki so bili dokazani v Sloveniji, in smo jih v bazo prispevali raziskovalci iz IMI ali Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano. V spomladanskem valu epidemije COVID-19 so se, glede na Pangolinsko poimenovanje sevov SARS-CoV-2, slovenski virusni genomi uvrstili v 8 različnih sevov: B, B.1, B.1.1, B.1.5, B.1.22, B.2, B.2.5, B.6.
V drugem valu epidemije pa se povečuje število sekvenc, ki sodi v linijo B.1.258.17. Za različico sta značilni 2 mutaciji na zapisu za beljakovino S (D614G in V772I). Prvi vzorec, ki sodi v linijo B.1.258.17 smo zaznali konec oktobra 2020, trenutno ta različica predstavlja približno 60 % vseh sekveniranih genomov v drugem valu epidemije (80/139). Genetska različica B.1.258.17 je prisotna tudi v sosednjih državah (Italiji in Avstriji), predvsem je pogosta na Danskem in v Švici (https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.258.17.html). Glede na dosedanje podatke različica B.1.258.17 ne vpliva na učinkovitost cepiv in na zanesljivost diagnostičnih testov.

Vir: https://clades.nextstrain.org


PDF: Analiza celotnih genomov SARS-CoV-2 v Sloveniji